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分別管理とは、正式には「分別生産流通管理」と呼ばれ、原材料となる穀物について外国の農場から日本の食品製造業者まで、生産流通の各段階で遺伝子組換えの混入が起こらないように管理し、そのことを書類により証明することです。
　このような管理であっても、産地のサイロ、輸送中の倉庫、コンテナ、トラックなどの段階で思いもよらない遺伝子組換え作物が混入する可能性は否定出来ず、清掃が行われても遺伝子組換え作物の残留の可能性があります。